Os fungos provavelmente evoluíram a partir dos mesmos ancestrais que originaram os animais: unicelulares eucariontes heterótrofos coloniais que viviam em ambiente aquático e que apresentavam flagelos em uma fase do ciclo da vida. Na linhagem que derivou para o grupo dos fungos, surgiram as características que definem esses organismos : parede celular de quitina , hifas, reprodução por meio de esporos e alimentação por absorção de nutrientes do meio. Essas características estão presentes nos quatro grupos que hoje se considera como pertencentes ao Reino Fungi, que seria monofilético. A classificação dos fungos ainda é um assunto polêmico. Vamos adotar uma classificação simplificada e que está resumida em cladogramas. Logo no início da evolução dos fungos, o primeiro grupo que deve ter surgido é o dos Chytridiomucota (quitridiomicetos ou quitrídios). Seus esporos são flagelados e recebem o nome de zoósporos (zoo= animal; é comum o uso do prefixo "zoo" para estruturas com capacidade de deslocamento em função da noção antiga de que só os animais se deslocavam). Os quitrídeos vivem em solos úmidos , em água doce e no mar ; alguns são parasitas de plantas e animais. Há considerável variação na morfologia e na ecologia dos quitridiomicetos. A maioria apresenta hifas cenocíticas , mas há espécies que perderam essa característica, retornando a uma condição de unicelularidade. Na linhagem que deu origem aos demais grupos houve perda do flagelo. Assim, todos os Zygomycota (zigomicetos), Ascomycota (ascomicetos) e Basidiomyxota (basidiomicetos) não apresentam esporos flagelados em seus ciclos de vida. Os esporos são sempre imóveis e transportados pelo vento, o que propicia a dispersão da espécie em ambiente aéreo. Quase todos esses fungos vivem em ambiente terrestre úmido. A distinção entre esses três grupos se faz principalmente com base no tipo de esporo que se forma na fase sexuada do ciclo de vida : zigósporo , ascósporo ou basidiósporo. Além disso, ascomicetos e basidiomicetos diferenciam-se dos zigomicetos pela presença de corpo de frutificação, que são, respectivamente , ascocarpo e basidiocarpo. Os cogumelos são exemplos de basiodiocarpos.
